Integrated Genome Browser
軟件概述
主要特點
- 支持各種基因組格式，如GenBank和FASTA
- 通過縮放和平移動畫與數據交互
- 從QuickLoad站點訪問和加載基因組
- 将數據轉換為各種圖形形式
- 通過Dropbox與合作者共享數據
- 為附加功能安裝插件
集成基因組浏覽器（IGB）是一個開源程序，用于查看和探索大型基因組數據集。您可以查看各種數據格式，與數據交互，創建圖形，将信息保存為圖像，并與協作者共享數據
IGB允許您查看來自注釋和對齊序列的數據。該程序支持多種格式，如FASTA、BAM、BEDGRAPH、BigWIG、Cytoband和GenBank。您可以獲取數據并将其轉換為各種圖形形式，包括用于突出顯示數據差異的不匹配圖形和用于顯示覆蓋率的深度圖形。您還可以通過IGB的縮放和平移動畫與數據交互
IGB允許您從QuickLoad站點訪問和加載基因組，QuickLoad站點是目錄、序列和其他數據文件的簡單系統，用于可視化目的。IGB提供高級功能和插件支持，通過使用腳本添加功能和工作流自動化。IGB還為您提供了用于共享數據的高級功能，無論是将數據發布為高質量的JPEG、PNG或SVG圖像，還是将數據存儲在Dropbox中，以便讓合作者能夠訪問您的項目
IGB主要用于大學研究人員、生物學家和生物信息學家。它為打開各種基因組數據格式、将數據可視化為不同的圖形以及與合作者共享數據提供了高級工具。不幸的是，該計劃依賴于持續發展的撥款，這意味着對申請的支持可能随時停止。然而，集成的基因組浏覽器仍然是一個有能力的，可定制的程序，用戶希望探索和分析他們的基因組數據
支持的文件格式
Integrated Genome Browser 9 支持的文件擴展名
| 常見格式 | |
|---|---|
| .XML | XML文件 |
| .FA | FASTA格式的序列文件 |
| .FASTA | FASTA序列文件 |
| .DAS | 德爾塔馬斯特分析會議 |
| .USEQ | USeq基因組數據文件 |
| .BED | UCSC床注釋軌迹文件 |
| .FAS | 編譯的快速加載AutoLISP文件 |
| .GB | 遊戲男孩ROM文件 |
| .SGR | SimCity 4圖形規則文件 |
| 其他相關格式 |
|---|
更新時間: 2020-02-14