Integrated Genome Browser
软件概述
主要特点
- 支持各种基因组格式，如GenBank和FASTA
- 通过缩放和平移动画与数据交互
- 从QuickLoad站点访问和加载基因组
- 将数据转换为各种图形形式
- 通过Dropbox与合作者共享数据
- 为附加功能安装插件
集成基因组浏览器（IGB）是一个开源程序，用于查看和探索大型基因组数据集。您可以查看各种数据格式，与数据交互，创建图形，将信息保存为图像，并与协作者共享数据
IGB允许您查看来自注释和对齐序列的数据。该程序支持多种格式，如FASTA、BAM、BEDGRAPH、BigWIG、Cytoband和GenBank。您可以获取数据并将其转换为各种图形形式，包括用于突出显示数据差异的不匹配图形和用于显示覆盖率的深度图形。您还可以通过IGB的缩放和平移动画与数据交互
IGB允许您从QuickLoad站点访问和加载基因组，QuickLoad站点是目录、序列和其他数据文件的简单系统，用于可视化目的。IGB提供高级功能和插件支持，通过使用脚本添加功能和工作流自动化。IGB还为您提供了用于共享数据的高级功能，无论是将数据发布为高质量的JPEG、PNG或SVG图像，还是将数据存储在Dropbox中，以便让合作者能够访问您的项目
IGB主要用于大学研究人员、生物学家和生物信息学家。它为打开各种基因组数据格式、将数据可视化为不同的图形以及与合作者共享数据提供了高级工具。不幸的是，该计划依赖于持续发展的拨款，这意味着对申请的支持可能随时停止。然而，集成的基因组浏览器仍然是一个有能力的，可定制的程序，用户希望探索和分析他们的基因组数据
支持的文件格式
Integrated Genome Browser 9 支持的文件扩展名
| 常见格式 | |
|---|---|
| .XML | XML文件 |
| .FA | FASTA格式的序列文件 |
| .FASTA | FASTA序列文件 |
| .DAS | 德尔塔马斯特分析会议 |
| .USEQ | USeq基因组数据文件 |
| .BED | UCSC床注释轨迹文件 |
| .FAS | 编译的快速加载AutoLISP文件 |
| .GB | 游戏男孩ROM文件 |
| .SGR | SimCity 4图形规则文件 |
| 其他相关格式 |
|---|
更新时间: 2020-02-14